Fra den 28/10 1664, da de første tropper rykkede ind i Kastellet, havde Kastellet ikke nogen egentlig Kommandant. Det var højst rangerende kommanderende officer, der indtog denne stilling.

Af hensyn til statsfangen Peder Griffenfeld blev der ansat en selvstændig Kommandant, i en kortere periode med en Vicekommandant under sig. 

Fra den 18/8 1685 får København og Kastellet fælles Kommandant med en Vicekommandant for hver af de to fæstninger under sig.

Fra den 14/10 1714 får Kastellet atter en selvstændig Kommandant. 

Fra 1723 får København og Kastellet fælles Kommandant.

Fra den 14/2 1724 får Kastellet en selvstændig Kommandant, heriblandt enkelte Interimskommandanter. 

Fra den 18/4 1764 skal den højst kommanderende officer i Kastellet være Kastellets Interimskommandant. 

Fra den 21/4 1768 får Kastellet en selvstændig Kommandant, heriblandt en enkelt Interimskommandant. 

Fra den 7/8 1806 får København og Kastellet fælles Kommandant.

Fra den 6/11 1807 ansættes en Guvernør over hele Københavns fæstningen med en Interimskommandant for Kastellet. 

Fra den 16/11 1811 får Kastellet en selvstændig Kommandant med en enkelt Interims- eller FG. Kommandant. 

Fra den 1/7 1842 ansættes en Guvernør over hele fæstningen med den højst kommanderende underordnede som FG Kommandant i Kastellet. 

Fra den 28/4 1848 får Kastellet en selvstændig Kommandant, heriblandt en enkelt FG Kommandant. 

Fra den 28/6 1856 underlægges Kastellet Københavns Kommandant. 

Fra den 20/11 1859 får Kastellet en selvstændig Kommandant.

Fra den 11/4 1865 underlægges Kastellet Københavns Kommandant.

Fra den 1/10 1867 bliver den kommanderende General i 1. Generalkommandodistrikt kommandant i København og Kastellet med en Souskommandant til sin rådighed. 

Fra den 1/6 1886 ophører den kommanderende General med at være Kommandant i København og Kastellet. Stillingen som Souskommandant inddrages. Den aktive Souskommandant overtager stillingen som Kommandant i København og Kastellet.

Fra den 29/4 1908 ændres betegnelsen: ”Kommandant i København og Kastellet Frederikshavn” til: ”Garnisonskommandant i København”. Kastellet har hermed mistet sin status som militært objekt og glider i 1908 helt ud af billedet i "København-Kastellet" sammenhæng.

Fra 1908 har kastellet været en kaserne, først underlagt Generalkommandoen, senere Sjællandske Division og fra oktober 1950 Østre Landsdelskommando. Frem til 1950 ledes Kastellet af kasernekommandanter.

Funktionen kasernekommandant opstår allerede i 1854 da Krigsministeriet den 20/3 1854 befaler, at samtlige kaserneringer og kaserneøkonomien i Kastellet fra den 1/4 1854 og ind til videre skal overtages af den tjenestegørende Major ved 1. Jægerkorps (20. Bataljon) som kasernekommandant. 

Fra 1950 blev det bestemt, at de kommandantskabsforvaltende myndigheder for større etablissementer, f. eks. Kastellet, skulle betegnes "kommandantskab" og chefen, skulle betegnes "kommandant".

Et kommandantskab består normalt af: Chefen, en skriver, en læge, en regnskabsfører, en materielmester / forvalter og et antal kasernearbejdere, heraf en varmemester. Rengøringspersonalet tilgår normalt fra et rengøringsselskab.

Kommandantens opgave er bl. a.: Etablissementets brug og drift, opretholdelse af ro og orden, herunder dets bevogtning samt tilsyn med bygningers, anlægs og arealernes rette brug og behandling.